数学系成立于2015年6月，现有基础数学、计算与应用数学、概率论与金融数学三个学科方向，包含动力系统、代数、组合数学、数论、代数几何、偏微分方程、数学物理与微分几何、应用数学、计算数学、概率论、金融数学等11个主要研究领域。

        数学系自成立以来，已初步建立一支国际化的一流师资队伍，现有教研序列教师28人，100%具有海外学习或工作经历。有2位院士，2位杰青。其中2人是国际数学家大会45分钟报告人，5人有四大数学顶尖杂志论文，2人独立获国家自然科学奖二等奖，1人获古根海姆奖（Guggenheim Fellowships），30余人次担任国际期刊主编、副主编、编委。

        我系教师共获批60余项以南科大为单位的项目（40项国家级项目，其中国自然重点项目2项）。2018年11月，数学学科入选广东省高等教育“冲一流、补短板、强特色”提升计划重点建设学科。2019年，获批广东省重点实验室一项。

        数学系志在为国家培养出创新意识高、能力强、有理想的高水平数学人才。已开设金融数学、数学与应用数学两个本科专业。已获批教育部数学一级学科硕士、博士学位授权点，同时与香港大学、香港科技大学、新加坡国立大学等境外知名高校长期联合培养博士研究生。2019年10月成功获批数学学科博士后科研流动站。