研究员/PI |生命科学学院, 生物系

靳文菲博士现为南方科技大学生物系副教授/PI (博士生导师,入选国家重点人才工程,广东省珠江人才计划,深圳市国家级领军人才等),长期从事基因组学、肿瘤免疫、生物信息和精准医学相关研究。发表论文30多篇,其中以第一/通讯作者在Nature、Nat Methods、Mol Cell、Genome Res、 AJHG、Genome Biol 等杂志发表论文15篇,被引超过1800次。担任Front Immunol、Front Med等多个杂志的编委。担任中国生物工程学会系统生物医学专业委员会等多个委员会委员。主持国家重点研发、国自然等多项国家和省部科研项目。主要研究方向:1)发展和利用多种单细胞测序技术进行肿瘤微进化研究;2)生物信息学/计算生物学;利用多种组学数据建立疾病风险模型,预测疾病风险和最佳治疗方案,为精准医疗提供指导。

个人简介

靳文菲,南方科技大学生物系副教授(博士生导师,入选国家重点人才工程,广东省珠江人才计划,深圳市国家级领军人才等)。靳文菲于2012年1月在中科院上海生科院金力院士和徐书华研究员指导下获得计算生物学博士学位,毕业后留所做助理研究员。2013年1月加入美国国立卫生研究院(NIH)赵可吉博士课题组从事博士后研究。2017年加入南方科技大学生物系。靳文菲博士长期从事群体遗传学和精准医学相关研究,通过开发基因组和表观基因组等高通量实验和计算方法,进行复杂性状的基因定位, 染色质远距离互作调控, 人群遗传结构和单细胞测序等研究。发表论文和图书章节20多篇,引用>1700次(Google scholar)。担任多个国际国内杂志的编委。主要成果包括:【1】开发了单细胞DNase测序(Jin, et al. 2015 Nature), 该技术将为个性化医疗提供关键基因调控信息; 【2】长期系统的群体遗传学研究( Jin et al, 2012 Genome Res;  Jin et al, 2012 AJHG;  Jin et al, 2012 HMG;  Jin, et al. 2014 EJHG;Jin, et al. 2012 HMG)。现在的主要研究方向:

1)发展和利用多种单细胞测序技术分析癌细胞的杂合性和抗药性差异, 进行肿瘤微进化研究;

2)利用全基因组测序数据鉴定癌症的遗传突变和表观遗传变化,揭示发病机理; 

3)利用多种组学数据建立疾病风险模型,预测疾病风险和最佳治疗方案,为精准医疗提供指导。

 

工作经历
2017年3月- 至今                  南方科技大学 副教授(独立课题组长)
2013 年1月- 2017年3月        美国国立卫生研究院 (NIH)   博士后研究员

                                                      合作导师:赵可吉博士

2012年1月- 2012年12月      中科院上海生科院   助理研究员

学习经历

2006年8月- 2012年1月        中科院上海生科院计算生物所/中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所              博士

导师: 金力院士和徐书华研究员

2006年2月- 2006年4月        中科院上海生科院生化细胞所             本科毕业实习

指导老师: 刘默芳研究员和王恩多院士

2001年9月- 2006年7月        郑州大学 本科

 

所获荣誉或入选人才计划:

2019          广东省珠江人才计划青年拔尖人才

2018          南方科技大学致新书院优秀书院导师

2018          深圳市国家级领军人才

2017          深圳市孔雀计划 B

2016          美国国立心肺血液所Orloff创新奖(Orloff Innovation Awards, NHLBI)

2016          美国国立卫生研究院优秀科研奖(Fellows Award for Research Excellence (FARE), NIH)

2014          施普林格博士论文(Springer Theses,Springer)

2013          中国科学院优秀博士论文

2012          礼来联合优秀博士论文(SIBS*Eli Lilly Outstanding Ph.D. Thesis, Eli Lilly)

2012          中科院计算生物所第一作者奖

2012          中国科学院研究生院优秀毕业生

2011          国际人类遗传学会和美国人类遗传学会旅行 奖 (ICHG/ASHG Travel Award)

2011          上海生科院辉瑞奖学金

2010          中国科学院地奥奖学金

 

研究领域

靳文菲课题组长期从事基因组学和肿瘤生物学研究。主要研究方向:1)发展单细胞组学实验技术和计算方法,刻画肿瘤微环境尤其是肿瘤免疫微环境指导精准免疫治疗。2)利用多组学数据鉴定癌症遗传突变和风险因子,建立癌症风险模型,预测最佳治疗方案。实验室的最终目标是通过刻画肿瘤微环境和风险因子发展癌症精准诊疗。


教学

开设课程:

计算生物学

生物信息

基因组学及数据分析


学术成果 查看更多

发表论文 30 多篇,其中一作和通讯作者论文 17篇。

代表论文如下 (#共同一作; *通讯作者):

16. Preprint: Hou W#, Duan L#, Huang C#, Li X, Xu X, Qin P, Hong N, Wang D*, Jin W*. Mesenchymal stem cell subpopulations and their heterogeneity of response to inductions revealed by single-cell RNA-seq. doi: https://doi.org/10.1101/2021.05.07.443197

15. Preprint: Luo Z#, Xu C#, Zhang Z*, Jin W*. scGAE: topology-preserving dimensionality reduction for single-cell RNA-seq data using graph autoencoder. doi:  https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.16.431357v1

14. Preprint: Wang X#, Shen X#, Chen S, Liu H, Hong N, Chen X, Jin W*. Re-investigation of classic T cell subsets and identification of novel cell subpopulations by single-cell RNA sequencing. doi: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.02.11.430754v1

13. Yi G, Lin Y, Lin C, Jin W*. (2021) Kssd: sequence dimensionality reduction by k-mer substring space sampling enables real-time large-scale datasets analysis. Genome Biol. 22:84. doi: 10.1186/s13059-021-02303-4

12. Qin P#, Pang Y#, Hou W#, Fu R#, Zhang Y#, Wang X#, Meng G, Liu Q, Zhu X, Hong N*, Cheng T* and Jin W* (2021) Integrated decoding hematopoiesis and leukemogenesis using single cell sequencing and its medical implication. Cell Discov. 7:2. doi: 10.1038/s41421-020-00223-4

11. Han Z, Cui K, Placek K, Hong N, Lin C, Chen W, Zhao K*, Jin W*, (2020) Diploid genome architecture revealed by multi-omic data of hybrid mice. Genome Res. 30:1097-1106.

10. Wang W, Ren G, Hong N*, Jin W*. (2019) Exploring the Changing Landscape of Cell-to-Cell Variation After CTCF Knockdown via Single Cell RNA-seq. BMC Genomics. 20:1015. doi: 10.1186/s12864-019-6379-5.

9. Lai B#, Tang Q# Jin W#, Hu G#, Wangsa D, Cui K, Stanton BZ, Ren G, Ding Y, Zhao M, Liu S, Song J, Ried T, Zhao K. (2018). Trac-looping measures genome structure and chromatin accessibility. Nat Methods. 15:741-747.

8. Lai B, Gao W, Cui K, Xie W, Tang Q, Jin W, Hu G, Ni B, Zhao K. (2018) Principles of nucleosome organization revealed by single-cell micrococcal nuclease sequencing. Nature. 562:281-285

7. Ren G#, Jin W#, Cui K, Rodrigez J, Hu G, Zhang Z, Larson DR, Zhao K. (2017). CTCF-Mediated Enhancer-Promoter Interaction Is a Critical Regulator of Cell-to-Cell Variation of Gene Expression. Mol Cell 67: 1049-1058.

6. Jin W#, Tang Q#, Wan M, Cui K, Zhang Y, Ren G, Ni B, Sklar J, Przytycka T, Childs R, Levens D, Zhao K. (2015) Genome-wide detection of DNase I hypersensitive sites in single cells and FFPE tissue samples. Nature. 528:142-146

5. Jin W#, Li R#, Zhou Y, Xu S. (2014) Distribution of ancestral chromosomal segments in admixed genomes and its implications for inferring population history and admixture mapping. Euro J Hum Genet. 22:930-937.

4. Kraushaar DC#, Jin W#, Maunakea A, Abraham B, Ha M, Zhao K. (2013) Genome-wide incorporation dynamics reveal distinct categories of turnover for the histone variant H3.3. Genome Biol. 14:R121.

3. Jin W, Wang S, Wang H, Jin L, Xu S. (2012) Exploring population admixture dynamics via empirical and simulated genome-wide distribution of ancestral chromosomal segments. Am J Hum Genet. 91:849-862.

2. Jin W, Qin P, Lou H, Jin L, Xu S. (2012) A systematic characterization of genes underlying both complex and Mendelian diseases. Hum Mol Genet. 21: 1611-1624.

1. Jin W, Xu S, Wang H, Yu Y, Shen Y, Wu B, Jin L. (2012) Genome-wide detection of natural selection in African Americans pre- and post-admixture. Genome Res. 22:519-527.

 

 

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靳文菲博士长期从事群体遗传和精准医学相关研究,通过开发基因组和表观基因组等高通量实验和计算方法,进行复杂性状的基因定位, 染色质远距离互作和单细胞测序等研究。共发表论文和图书章节30多篇,总引用>1800次(Google scholar)。主要成果包括:【1】开发了单细胞DNase测序(Jin, et al. 2015 Nature),该技术将为个性化医疗提供关键基因调控信息;【2】长期系统的群体遗传学研究,对人群混合和遗传疾病基因研究有独特贡献(Jin et al, 2012 Genome Res; Jin et al, 2012 AJHG;Jin et al, 2012 HMG; Jin, et al. 2014 EJHG)。详情见课题组主页(http://faculty.sustech.edu.cn/jinwf/ or http://jinwlab.net/)。

课题组主要研究方向包括:

1)发展和利用多种单细胞测序技术分析癌组织,揭示癌细胞杂合性,抗药性差异及微进化;

2)利用全基因组测序数据鉴定癌症的遗传突变和表观遗传变化,揭示发病机理;

3)利用多种组学数据建立疾病风险模型,预测疾病风险和最佳治疗方案,为精准医疗提供指导。

课题组拟招聘博士后1-2名,并欢迎热爱科研、希望在生命科学领域继续深造的同学申请硕士生,博士生,实习生或访问学生。

【博士后招聘要求 

1. 热爱科学, 对科研工作感兴趣;具有高度积极性,立志于科研事业。

2. 以第一作者/共同一作在SCI杂志上发表过1篇以上研究论文(包含接受)。

3. 有以下任意一研究背景: 生物信息/计算生物学、生物统计、癌症研究、 群体遗传(或进化)、 基因组研究、二代测序(NGS)。

【博士后待遇 

1. 年薪约33万人民币 (包括深圳市补助)(其中优秀博士后年薪41万,但需向学校申请)。

2. 学校提供五险一金。

3. 每年为每位博士后提供不少于1次出国交流访问或开会的资助。

【博士生,硕士生,实习生和访问学生要求和待遇 

1.     热爱科研,立志于科研,对课题组研究方向感兴趣;

2.     工作努力、认真、细致,负责;

3.     具有良好的英语听说读写能力,发表过SCI论文的给予优先考虑。

博士生奖学金>10万元/年,硕士生奖学金>5万元/年,实习生和访问学生待遇面议。

【应聘申请材料】

1.详细的个人简历(含学习、工作/科研经历、科研成果、发表论文、联系方式和所受奖励);

2.2-3推荐人的姓名及有效联系方式(也可以直接提供推荐信,至少一人为学位导师);

3.应聘者自认为有益的材料和文件

有意向者请将申请材料发至:jinwf@sustech.edu.cn,邮件标题注:“申请+职位+自己姓名”

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