助理教授 生物系

陈曦,2009年毕业于北京大学医学部医学实验专业,取得学士学位。后赴英国曼彻斯特大学生命科学系,于2012年取得博士学位。博士期间研究蛋白-DNA结合特异性以及细胞周期G2/M的转录调控。在完成博士研究之后,于2013年加入欧洲生物信息研究所(European Bioinformatics Institute)从事博士后工作,进行功能基因组学、表观遗传学、生物信息学,以及单细胞测序方面的研究。2016年加入维康桑格研究所(Wellcome Sanger Institute),成为高级研究员,开发单细胞表观遗传测序技术。2019年加入南方科技大学生物系,任助理教授。

个人简介

研究领域

(1) 单细胞表观遗传以及转录组测序技术开发

(2) 基因组学数据的挖掘以及生物信息分析

(3) 研究转录因子以及染色质复合物在控制细胞命运决定以及记忆中的作用和机制


学术成果 查看更多

Huang M, Wang Y, Yang M, Yan J, Yang H, Zhuang W, Xu Y, Koeffler HP, Lin DC, Chen X#. (2019) dbInDel: a database of enhancer-associated insertion and deletion variants by analysis of H3K27ac ChIP-Seq. Bioinformatics. pii: btz770.

Gao X*, Nowak-Imialek M*, Chen X*, Chen D, Herrmann D, Ruan D, Chen ACH, Eckersley-Maslin MA, Ahmad S, Lee YL, Kobayashi T, Ryan D, Zhong J, Zhu J, Wu J, Lan G, Petkov S, Yang J, Antunes L, Campos LS, Fu B, Wang S, Yong Y, Wang X, Xue SG, Ge L, Liu Z, Huang Y, Nie T, Li P, Wu D, Pei D, Zhang Y, Lu L, Yang F, Kimber SJ, Reik W, Zou X, Shang Z, Lai L, Surani A, Tam PPL, Ahmed A, Yeung WSB, Teichmann SA, Niemann H, Liu P. (2019) Establishment of porcine and human expanded potential stem cells. Nat Cell Biol. 21, 687-699.

Henriksson, J.*, Chen, X.*, Gomes, T., Ullah, U., and Meyer, K.B. (2019). Genome-wide CRISPR screens in T helper cells reveal pervasive cross-talk between activation and differentiation. Cell 176, 1–15.

Zhang, W.*, Chronis, C.*, Chen, X.*, Zhang, H., Spalinskas, R., Pardo, M., Chen, L., Wu, G., Zhu, Z., Yu, Y., et al. (2019). The BAF and PRC2 Complex Subunits Dpf2 and Eed Antagonistically Converge on Tbx3 to Control ESC Differentiation. Cell Stem Cell 24, 138–152.e8.

Chen, X., Miragaia, R.J., Natarajan, K.N., and Teichmann, S.A. (2018). A rapid and robust method for single cell chromatin accessibility profiling. Nat. Commun. 9, 5345.

Jia, G.*, Preussner, J.*, Chen, X.*, Guenther, S., Yuan, X., Yekelchyk, M., Kuenne, C., Looso, M., Zhou, Y., Teichmann, S., et al. (2018). Single cell RNA-seq and ATAC-seq analysis of cardiac progenitor cell transition states and lineage settlement. Nat. Commun. 9, 4877.

Hagai, T., Chen, X., Miragaia, R.J., Rostom, R., Gomes, T., Kunowska, N., Henriksson, J., Park, J.-E., Proserpio, V., Donati, G., et al. (2018). Gene expression variability across cells and species shapes innate immunity. Nature 563, 197–202.

新闻动态 更多新闻

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加入团队

课题组PI以及研究方向简介

 

陈曦,南方科技大学生物系,助理教授。陈曦博士于2012年在英国曼彻斯特大学生命科学系取得博士学位。之后于2013年加入欧洲生物信息研究所(EMBL-European Bioinformatics Institute)从事博士后工作,进行功能基因组学、表观遗传学、生物信息学,以及单细胞测序方面的研究。2016年加入维康桑格研究所(Wellcome Sanger Institute),成为高级研究员,开发单细胞组学测序技术,用以协助人类细胞图谱(Human Cell Atlas)绘制。2019年4月全职回国,加入南方科技大学生物系。

 

陈曦课题组主要通过开发单细胞表观遗传组学测序技术,利用干细胞分化以及模式动物胚胎发育为模型,探索细胞命运决定的分子调控机制。课题组具备深厚的单细胞组学(转录组、表观组)技术功底以及数据分析能力,具有多年的单细胞组学技术的开发经验,今后将继续发展以低起始量细胞为出发点的单细胞表观遗传组学技术以及分析方法,并将其应用于细胞命运决定的分子调控机制研究。

 

课题组内已具备成熟的单细胞实验平台,既有基于384孔板的单细胞转录组以及表观组学测序技术,又有基于微流控的高通量单细胞测序仪器。此外,南科大成熟的超级计算中心也为大数据分析扫清障碍。现诚招dry lab和wet lab博士后以及研究助理若干名。

 

此招聘长期有效,如果你对本课题组的研究方向感兴趣,请加入我们,一起学习,一起努力搞科研。请将个人简历(含学习、工作经历、发表论文、2-3位推荐人的联系方式等信息)以及认为有用的其他能证明能力的所有材料整合为单个PDF,发至邮箱chenx9@sustech.edu.cn。

 

【博士后招聘】

 

  1. Dry lab博士后背景以及能力要求

 

具有生物信息学、计算生物学、系统生物学或者分子生物学的博士学位;

具有二代测序(NGS)数据分析的研究经验;

Python, R, Matlab 语言至少会一种;

能够熟练使用英文写作和交流,有合作精神;

具有功能基因组学、单细胞组学数据分析经验者优先。

 

  1. Wet lab博士后背景以及能力要求

 

具有分子生物学、细胞生物学或者相关专业的博士学位;

熟练掌握常规分子生物、生物化学实验技术;

能够熟练使用英文写作和交流,有合作精神;

具有Illumina测序建库经验者优先;

具有单细胞组学建库经验者优先;

具有表观遗传组学技术(ChIP-seq, ATAC-seq, WGBS etc.)经验者优先。

 

  1. 薪酬待遇

 

 年薪33万起(含深圳市政府博士后专项免税补贴18万元、工资及福利),五险一金参照学校标准缴纳。特别优秀者可以申请校长卓越博士后,年薪达38万元以上。额外补贴:工作满3年后可申请后备深圳后备级人才,享受160万补贴(免税);进站可落户深圳,其配偶和未成年子女可办理户口随迁,子女可入读南科大附属幼儿园,小学等;可依托本单位申请国家、省、市级人才项目,辅助申报各类科研项目。

 

【研究助理招聘】

 

具有分子生物学、生物化学、细胞生物学或相关专业的硕士及以上学位;

细心耐心,手巧,具有优秀的实验操作技巧;

协助组内博士后以及研究生常规实验,维护实验室日常。

 

薪酬待遇:

 

基本薪资根据学历和经验面议,五险一金,各项福利,补贴等参照学校标准缴纳、发放。

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