大学的核心使命是“发现知识、传播知识、服务社会”，其任务是不断为社会提供新思想、新知识、新技术、新人才，支撑新产业，为经济社会可持续发展提供创新支撑，也就是为人类进步提供创新这个软动力。
       为了突出“创知、创新、创业” 的办学特色， 南科大结合当前科技创新的新趋势和对人才培养的新要求，于 2016 年 8 月正式设立创新创业学院（简称“学院”），承担深圳市综合性国家科学中心、中国特色社会主义先行示范区、大湾区产业创新中心等建设任务，服务于国家战略发展。学院致力于工程硕博士培养、未来企业领袖培养、创新创业通识教育、以校企联合实验室为基础的研究平台，成为链接南方科技大学与创新企业之间的“桥梁”。
        学院志在为国家培养高级应用型人才、企业领袖及具有优秀的创新思维、较高理论水平和突出的解决实际问题能力的创新创业高端人才。学院联合电子、材料、环境三个系牵头成功申请了工程硕士专业学位点，并兼具研究生院工程硕士教育中心职能。建院至今共招收培养 327 名工程硕士，建立了较为完备、独具特色的研究生培养模式。毕业生就业率高，去向好，首届毕业生初次就业升学率达 98.6%。学院还统筹全校创新创业通识教育，给学生提供创业空间和辅导，并开设《创新创业大讲堂》、《创业思维与实践》、《产品创新与设计开发方法》等 10 余门创新创业课程，其中《整合与创新设计》课程作为国际创新创业课，助力学校国际化创新创业教育。学院还于 2019 年携手法国巴黎高等商学院 HEC Paris 共同发起“iLEAP 未来企业领袖培养计划”，依托南科大的科研实力，融合中外顶级商学院的教育理念，为产业界培养高端管理人才。